回顾成功救治的１例非HIV相关耶氏肺孢子菌（PJ）合并巨细胞病毒（CMV）肺炎患者的临床资料，并结合相关文献进行分析。该患者为23岁男性，长期服用包括糖皮质激素在内的多种免疫抑制剂，因咳嗽，咳痰，发热，气促入院，诊断为重症肺炎，Ⅰ型呼吸衰竭，予美罗培南，复方磺胺甲噁唑及卡泊芬净联合抗感染治疗后呼吸窘迫仍进展，予经口气管插管及机械通气支持治疗；后经宏基因组二代测序（mNGS）在血液和支气管肺泡灌洗液中同时检测到PJ和CMV序列，加用更昔洛韦联合治疗后病情逐渐好转并治愈出院。该病例提示在免疫功能不全的重症肺炎患者中，通过mNGS进行病原体检测可及时指导临床医生选择正确的抗感染治疗方案，改善患者预后。