Ⅳ期结直肠癌患者淋巴结转移相关基因的研究
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广西钦州市第一人民医院

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    目的:通过生物信息学方法探索影响Ⅳ期结直肠癌(colorectal cancer, CRC)患者淋巴结转移相关的核心基因,为进一步对转移相关的潜在机制的探索提供线索。 方法:本研究通过对GEO数据库进行检索,选择GSE63596的表达谱芯片进行后续研究。采用Agilent微阵列技术对所有15例患者的mRNA谱进行分析。差异分析采用LIMMA包进行运算,统计学过滤条件为:|Log2FC| > 2, P < 0.05。采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)方法筛选出与CRC淋巴结转移相关的靶基因并构建预测模型。软件包glmnet,整合生存时间、生存状态和基因表达数据,利用LASSO回归分析,以获得最优模型。 结果:通过对GSE63596的表达谱芯片差异分析,提示有501个基因在淋巴结阳性的肿瘤中表达上调,另外有102个基因表达下调。通过R语言软件中cutreeDynamic和moduleEigengenes函数绘制聚类图,去除相似模块的影响,共得到15个模块, 结果发现淋巴结阳性与drakgrey模块显著相关(cor = 0.64, P = 0.01),构建PPI网络后刷选出8个Hub基因。利用LASSO回归分析,以获得最优模型。我们设置Lambda值为0.0407,构建的模型公式为Riskscore=(0.1454)*DGAT1+(-0.0684)*GDPD3+(0.1404)*PDZK1IP1+(-0.1724)*PLA2G10。 结论:筛选出与CRC转移相关的4个基因,可为胃癌发生、转移和治疗的研究提供参考。

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  • 收稿日期:2022-01-10
  • 最后修改日期:2022-03-04
  • 录用日期:2022-03-09
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