基于GEO数据库筛选舌鳞状细胞癌顺铂耐药的关键基因及生物信息学分析
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右江民族医学院口腔医学院

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国家自然科学基金(81660495);广西研究生教育创新计划项目(YCSW2022459)。


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    目的 通过生物信息学方法筛选舌鳞状细胞癌顺铂耐药的关键基因及其潜在的治疗药物。 方法 从GEO数据库下载GSE111585和GSE115119数据集,利用limma包进行差异分析,与PRGs取交集后获取DEGs。David数据库对DEGs进行GO功能富集及KEGG通路富集分析。 String数据库构建PPI网络,在Cytoscape中进行可视化,基于Degree拓扑分析算法筛选Hub基因。在Cellminer数据库中预测Hub基因潜在的治疗药物。结果 ①共筛选出32个DEGs。②GO富集分析显示DEGs主要参与药物反应、蛋白结合等功能;KEGG富集分析显示DEGs富集在癌症通路和Hippo信号通路。③筛选出FN1、SOX2和COL1A1 3个Hub基因。④预测出67种可能逆转Hub基因的药物。结论 FN1、SOX2和COL1A1可能是舌鳞状细胞癌顺铂耐药的潜在靶点。

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  • 收稿日期:2022-10-07
  • 最后修改日期:2022-10-24
  • 录用日期:2023-04-29
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