目的 基于全转录组测序探讨小鼠肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma，HCC)组织中miR-122-5p和miR-27b-3p调控DNA 拓扑异构酶 2-α（DNA topoisomerase 2-alpha,Top2a）异常表达的可能调控机制分析。方法 通过构建小鼠HCC模型、实时荧光定量PCR（RT-qPCR）和全转录组测序用生物信息学手段，以及结合The?Human?Protein?Atlas（人类蛋白质图谱数据库），分析Top2a在瘤体组织和正常肝组织中的差异表达，并进一步筛选与Top2a或其编码蛋白有PPI和靶标关系的差异（q < 0.05，q为校正的p）表达基因和miRNA，分析其功能。构建Top2a编码蛋白的蛋白质-蛋白质互作图（PPI）和分析Top2a及相关基因参与的生物学功能。结果 与对照组相比，瘤体组织中Top2a差异过表达（P＜0.05），且存在87个与Top2a编码蛋白互作、差异表达的蛋白编码基因。GO功能富集显示，Top2a及相关基因主要存在于细胞核，且多数具有蛋白结合和DNA结合活性，参与RNA聚合酶II启动子转录的正向调节、细胞对DNA损伤刺激的反应和染色体分离等生物学过程。同时，存在miR-27b-3p和miR-122-5p这2种靶向于Top2a的miRNA在瘤体组织中表达显著低于对照组织。Top2a基因在肝癌组织中RNA和蛋白质表达水平均高于正常肝组织，此外，Top2a基因低表达的肝癌患者的生存率明显高于高表达的患者。结论 Top2a基因在HCC中过表达是其细胞抑制了miR-122-5p和miR-27b-3p表达的结果。而Top2a在细胞核内通过蛋白结合和DNA结合等活性，影响转录起始、DNA损伤刺激反应和染色体分离等生物学过程，则是其在HCC中发挥作用的分子机制。Top2a基因可能是预测肝癌预后的重要生物标志物，有极高的临床诊断价值。