基于TCGA数据库探索舌癌干细胞关键基因的表达及其意义
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R739.86

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    目的 通过生物信息学方法研究舌癌中干细胞相关的关键基因,并利用关键基因的生物学作用和功能富集初步 探索舌癌干细胞关键基因的功能。方法 舌癌RNA-seq数据和相关临床信息从癌症基因组图谱(TCGA)下载。利用R 语言分析舌癌病例,WGCNA用于模块化差异基因。基于mRNAsi确定重要舌癌干性相关的模块和关键基因。对关键 基因GO 以及KEGG功能富集。结果 在TCGA数据库中的差异表达分析显示,正常组织和舌癌组织的mRNAsi具有 显著差异,舌癌组织明显要高于正常组织(P <0.05)。在生存分析中,观察到mRNAsi评分高的患者比mRNAsi评分 低的患者总体生存更差(P <0.05)。基于mRNAsi确定了40个关键基因,GO 以及KEGG 功能富集发现关键基因都 集中在细胞周期、范可尼贫血通路和Wnt通路,P <0.05,FDR<0.25。结论 舌癌患者的mRNAsi高评分可能预示着 预后不良,mRNAsi在舌癌的发生发展中起着重要的作用,并以此鉴定了40个舌癌干性相关的关键基因,这些基因有望 成为舌癌治疗的靶点。

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