基于转录组测序探究TGF-β对成纤维细胞作用的机制研究
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广西医科大学基础医学院

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R73

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耗竭型T细胞调控成纤维细胞影响肌层浸润性膀胱癌肿瘤侵袭的研究,国家自然科学基金项目(面上项目,重点项目,重大项目)


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    目的:基于转录组RNA测序筛选转化生长因子β(Transforming Growth Factor-beta,TGF-β)刺激的成纤维细胞与正常成纤维细胞的差异miRNA。方法:对正常人成纤维MRC-5细胞和经20 ng/ml TGF-β刺激24h后的MRC-5细胞进行转录组RNA测序,筛选出两组之间的差异表达基因(DEGs),对DEGs进行生物信息学分析,包括基因功能(GO)、京都基因百科全书(KEGG)富集分析、蛋白质相互作用网络分析(PPI)以及相关基因对肿瘤生存预后的影响。结果:筛选出在33692个基因中差异表达的 miRNAs 共161个,其中上调39个,下调122个;GO分析表明,DEGs主要富集的生物学过程包括核苷酸生物合成、代谢和神经元凋亡、坏死等过程; KEGG通路富集发现这些信号主要涉及核苷酸生物合成过程,核苷磷酸代谢过程,神经元凋亡等过程,其中核苷酸生物合成在6条信号通路中均被富集到;利用TCGA数据库对膀胱癌(BLCA)进行生存分析发现TGFB1I1、HYOU1和CAT基因同时高表达时,与患者较差预后显著相关。结论:miRNA在TGF-β刺激后的成纤维细胞和正常成纤维细胞中存在表达差异,筛选出在BLCA病人中表达的TGFB1I1、HYOU1和CAT有望作为患者的预后标志物。

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  • 收稿日期:2023-03-01
  • 最后修改日期:2023-03-08
  • 录用日期:2023-03-09
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