ABCA8在结直肠癌中的生物信息学分析及验证
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1.右江民族医学院;2.右江民族医学院附属医院

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    目的:研究ABCA8在结直肠癌中的作用 方法:下载癌症基因组图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中的结直肠癌数据,利用limma R包研究ABCA8在TCGA数据集中的表达情况。随即利用结直肠癌的临床生存状态数据研究该基因是否和结直肠癌的生存预后相关。利用基因相关性分析研究ATP结合盒亚家族A成员8(ABCA8)在结直肠癌中和其他基因之间是否具有相关性。利用 R包 estimate包和CIBERSORT R包得到结直肠癌中每个样本的肿瘤微环境打分以及运行肿瘤免疫浸润分析,并且对ABCA8基因表达量高低的两个分组之间进行免疫细胞以及肿瘤微环境的表达进行分析。利用免疫检查点相关基因分析ABCA8和其之间的关联。采用Western blot验证收集的结直肠癌患者癌、癌旁以及正常组织中的ABCA8的表达情况,并且同时验证人类蛋白图谱数据库(The Human Protein Atlas, HPA)中ABCA8基因在结直肠癌以及正常肠道组织中的表达水平变化。 结果:通过差异分析发现ABCA8在结直肠癌中低表达。通过相关性分析一共得到了314个与ABCA8密切相关的基因。通过肿瘤微环境评分发现依据ABCA8表达水平不同分成的高低表达两组中,基质评分,免疫评分和肿瘤微环境评分均有差异。利用生物信息学分析还发现ABCA8基因和免疫细胞以及免疫检查点相关基因之间具有明显的关联。通过western blot和HPA数据库中发现正常肠组织中ABCA8的表达水平高于结直肠癌组织。 结论: ABCA8在结直肠癌和正常肠道组织中具有明显差异,可以作为一种新的诊断生物标志物。 关键词:ABCA8,结直肠癌,生物信息学,TCGA

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  • 收稿日期:2023-03-09
  • 最后修改日期:2023-03-28
  • 录用日期:2023-03-29
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