基于GEO数据库筛选舌鳞状细胞癌顺铂耐药的关键基因及生物信息学分析
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R739.86

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    目的 通过生物信息学方法筛选舌鳞状细胞癌顺铂耐药的关键基因。方法 从GEO 数据库下载GSE111585 和GSE115119数据集,利用limma包进行差异分析,与PRGs取交集后获取DEGs。利用R语言对DEGs进行GO 功能 富集及KEGG通路富集分析。String数据库构建PPI网络,在Cytoscape中进行可视化,基于Degree拓扑分析算法筛选 Hub 基因。根据Wilcox.test法分析Hub 基因与顺铂耐药性的联系。结果 ①共筛选出32个DEGs。②GO 富集分析 显示DEGs主要参与刺激反应调节、信号受体结合等功能;KEGG富集分析显示DEGs富集在癌症通路和人T细胞白血 病病毒Ⅰ型感染信号通路。③筛选出FN1、SOX2和COL1A13个Hub 基因,其中COL1A1具有成为潜在生物靶点的 潜力。结论 COL1A1可能是舌鳞状细胞癌顺铂耐药的潜在作用靶点。

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