基于外泌体exoRBase2.0数据库构建肝细胞癌相关的ceRNA网络并进行相关分析
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1.江苏省南通市南通大学杏林学院;2.江苏省南通市南通大学附属医院

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    目的 基于生物大数据构建肝细胞癌患者血液外泌体竞争性内源RNA调控网络,并对其发病机制进行探究。方法 从exoRBase 2.0数据库中下载肝细胞癌(HCC)患者和正常人群血液外泌体基因测序数据,并应用R语言差异分析基因的表达谱。通过TargetScan、miRanda、starBase数据库预测与信使RNA(mRNA)、长链非编码RNA、环状RNA结合的微小RNA并对其进行差异表达分析。将差异分析的结果导入Cytoscape软件,构建竞争性内源RNA网络。对筛选出的差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析;同时使用CytoHubba插件筛选和分析Hub基因。将关键基因导入UALCAN和Kaplan-Meier Plotter网站进行基因表达量和生存分析;并通过TIMER2.0网站进行免疫浸润分析以验证与HCC的相关性。结果 GO功能富集分析显示差异表达的mRNA主要富集在骨髓细胞分化和横纹肌细胞分化等功能。KEGG通路富集分析显示差异表达的mRNA主要富集在催产素信号通路和cGMP-PKG信号通路。生存分析结果显示TTTY14、CELF2高表达组HCC患者的生存率显著高于低表达组;而SHC1低表达组HCC患者的生存率显著高于高表达组。免疫浸润分析结果显示CELF2的高表达与HCC患者的肿瘤纯度显著呈负相关,与多种免疫细胞显著呈正相关。结论 本研究成功构建了HCC患者血液外泌体竞争性内源RNA调控网络,从分子层面阐述了HCC的发生、转移和侵袭机制,为HCC的临床诊疗提供理论支持。

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  • 收稿日期:2024-01-05
  • 最后修改日期:2024-02-02
  • 录用日期:2024-02-05
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