基于KRT6B在泛癌组织中的表达的生物信息学分析及其意义
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1.皖南医学院;2.皖南医学院病理教研室

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安徽省教育厅高校科研计划重点项目(2022AH051235);国家级大学生创新创业训练计划项目(202310368004)


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    目的 通过生物信息学分析Ⅱ型细胞角蛋白(KRT6B)在泛癌组织中的表达水平、预后和免疫相关特性及作用机制,阐明KRT6B作为肿瘤诊断、预后及治疗方面新的生物标志物的潜力。方法 运用TCGA数据库中分析mRNA KRT6B在不同肿瘤组织与正常组织中的差异表达,使用人类蛋白质图谱(HPA)和STRING数据库分析KRT6B蛋白在肿瘤组织中的表达情况及具有关联的蛋白;探究其在泛癌中与预后及免疫相关特性的相关性;采用CancerSEA数据库分析KRT6B肿瘤细胞表型的相关性;运用GSEA富集通路分析KRT6B所作用的信号通路;使用Cellminer数据库探究KRT6B与药物敏感性的相关性。结果 KRT6B在肿瘤组织与正常组织间存在差异表达(p < 0.05);在间皮瘤、肺腺癌、肝细胞癌、肾乳头状细胞癌等肿瘤中,KRT6B的高表达与更差的总生存期、疾病特异性生存期、无进展间期密切相关(p < 0.05);KRT6B表达水平与多种临床病理特征存在关联(p < 0.05);KRT6B蛋白在肺癌、皮肤癌、直肠癌中均有表达,在前列腺癌中无表达;KRT6B蛋白与KRT6A、KRT6C、PCSK5、SPRR1B等蛋白存在互相作用;在KRT6B基因与肿瘤细胞表型具有相关性(p < 0.05);KRT6B基因表达在8种肿瘤中与TMB关系密切(p < 0.05),在6种癌症类型中和MSI显著相关(p < 0.05);在膀胱癌、子宫内膜癌、胸腺癌、头颈鳞状细胞癌中KRT6B表达与免疫细胞的浸润水平存在相关性(p < 0.05);泛癌中KRT6B的表达水平与免疫检查点相关基因表达呈正相关(p < 0.05);KRT6B主要富集在MYC TARGETS V1、脂质代谢、DNA修复等信号通路上;KRT6B高表达与SNS-314、KW-2449、Barasertib、AMG-900、Dexrazoxane、Acetalax敏感性水平呈正相关,与Quercetin呈负相关。结论 KRT6B在多种肿瘤组织中高表达,表现出与多种肿瘤预后不良、免疫因素及肿瘤相关通路和表型相关,可能作为肿瘤诊断标记物和肿瘤预后、免疫治疗效果及药物选择的预测因子,并且有成为新的治疗靶点的潜力。

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  • 收稿日期:2024-05-25
  • 最后修改日期:2024-06-15
  • 录用日期:2024-07-05
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