利用单细胞RNA测序与拷贝数变异分析挖掘雌激素受体阳性乳腺癌标志
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R373.9

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    目的 本研究旨在整合单细胞RNA 测序(single-cellRNA-seq,scRNA-seq)与拷贝数变异(copynumbervariation, CNV)分析,系统筛选雌激素受体阳性(estrogenreceptor-positive,ER+)乳腺癌的潜在分子标志物。方法 利用 ER+乳腺癌scRNA-seq数据结合CNV 评分识别癌细胞与正常上皮细胞;通过差异表达分析、富集分析、共识聚类及蛋 白质相互作用网络分析筛选候选基因;基于scRNA-seq数据评估各基因对ER+乳腺癌细胞的标记效能以及实验验证, 最终确定最具潜力的标志物。结果 在scRNA-seq数据分析中,成功区分癌细胞与正常上皮细胞,并筛选出若干ER+ 乳腺癌潜在标志物。验证结果表明本筛选流程准确性良好,所获标志物具有较高特异性;与仅依赖RNA-seq数据的分 析相比,scRNA-seq结合CNV分析能识别出更多潜在的癌细胞标志物。最终,基于该整合分析筛选出的钾电压门控通 道亚家族E调节亚基4(potassiumvoltage-gatedchannelsubfamilyEregulatorysubunit4,KCNE4)被确定为ER+乳腺 癌的潜在新型标志物与治疗靶点;进一步通过qRT-PCR和WesternBlot实验证实,KCNE4在ER+乳腺癌中表达显著 上调。结论 本研究筛选出的KCNE4是ER+乳腺癌中极具潜力的分子标志物,为针对癌症的研究提供了新思路。

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